DOCKING MOLECULAR & CRIBADO VIRTUAL

Descripción del curso:

Este curso contemplara de manera teorico insilico los métodos bioinformáticos que permite predecir y calcular computacionalmente la posición más favorable de interacción entre un ligando y un blanco (usualmente proteico) a partir de sus representaciones tridimensionales. Se profundizara en las diferentes aplicaciones de las técnicas de docking molecular, sus conceptos principales, metodologías disponibles, herramientas gratuitas y una revisión de las diferentes aplicaciones para el desarrollo de nuevos fármacos y el estudio de las interacciones entre ligando-receptor.

Analizaremos los algoritmos de búsqueda molecular y los programas que aplican dichas metodologías. También discutiremos cómo se puede optimizar la detección virtual, describiendo métodos que pueden aumentar la precisión del proceso de simulación, con algoritmos de acoplamiento relativamente rápidos. Aprenderán a realizar un docking de una proteína y su ligando con VINA, Autodock y DogSiteScorer iniciando desde la proteína y ligando hasta la obtención de resultados y un breve análisis del mismo.

TEMARIO

Modulo I: Introducción al docking molecular

• Concepto, definición del docking molecular
• Modelo inicial de Fisher para acoplamiento de proteínas.
• Descripción de la técnica de docking molecular.
• Tipos de docking molecular
• Algoritmos.

Modulo II: Modelo de PDB para estudios de docking

• Introducción al Protein Data Bank
• Cristales disponibles en el PDB
• Resolución de los Cristales del PDB
• R value
• Ramachandran outliers
• Abrir e importar archivos, menús principales y algunas herramientas básicas de UCSF Chimera

Modulo III: Docking desde cero utilizando Autodock tools

• Descargar Cristal de PDB
• Descargar estructuras de Pubchem
• Preparación de moléculas antes del Docking
• Realización del Docking molecular

Modulo IV: Docking molecular con VINA utilizando Autodock tools

• En este módulo se aprendera a realizar un docking de un proteína y su ligando con VINA. Realizaremos un ensayo de Docking molecular utilizando VINA a traves de la interfaz de Autodock Tools, iniciaremos desde la proteína y ligando hasta la obtención de resultados y un breve análisis.

Modulo V: Docking molecular flexible con Autodock VINA.

• AutoDock Vina es un nuevo programa de código abierto para el descubrimiento de fármacos, el acoplamiento molecular y la detección virtual, que ofrece capacidad multinúcleo, alto rendimiento y mayor precisión y facilidad de uso.
• Realizaremos una variante de docking que hace que los aminoácidos del sitio de unión sean flexibles y se coloquen en la mejor posición. El docking flexible demanda más recursos de cómputo pero también puede aportar más información que un docking totalmente rígido

Modulo VI: Determinar el sitio de unión de una proteína y su potencial farmacológico con DogSiteScorer.

• DoGSiteScorer: un servidor web para la predicción automática del sitio de unión, el análisis y la evaluación de la farmacoactividad.
• Muy útil para proteínas de las que no se conoce mucho, pero son potenciales blancos farmacológicos.

Destinado:

El programa está dirigido a estudiantes universitarios, egresados y profesionales, de las áreas de Biotecnología, Farmacología, Ing. Químicos, Químicos Farmacéuticos, medicina, biología, biomedicina, bioingeniería y afines interesados en aprender el mundo del docking molecular