QUIMIOINFORMATICA

Descripción del curso

Contemplara un acercamiento al proceso convencional para el diseño de moléculas con potencial bioactivo, reposicionamiento de fármacos, así como medicamentos obtenidos por métodos in silico autorizados para su uso clínico.

Se aprenderá el uso del software de acceso libre ChemSketch para dibujar estructuras químicas y los formatos utilizados en diseño de fármacos asistido por computadora. Luego pasaremos a formar nuestra quimioteca basada en bioisósteros con SwissBioisostere o en un núcleo químico con bases de datos como DrugBank, PubChem, ChemSpider, entre otras. De dicha quimioteca se obtendrán parámetros biológicos, biofarmacéuticos y toxicológicos (farmacología in silico) con PASS Way2Drug, DataWarrior, SwissADME y Tox-Prediction y finalmente en esta sección se realizará un tamizaje virtual de las moléculas con mejores características para ser potenciales biomoléculas con aplicación terapéutica. Las moléculas (ligandos) seleccionadas se optimizarán a su estructura de mínima energía para posteriores estudios de acoplamiento molecular (Docking).

Temario 

Modulo I: Introducción a la química computacional

• Introducción al diseño de fármacos asistido por computadora.
• Medicamentos comerciales obtenidos por diseño.
• Software para dibujar estructuras químicas y sus formatos de uso común.
• Diseño de quimiotecas a partir de un farmacóforo o bioisósteros.
• Formato de trabajo escrito y cartel tipo simposio científico

Modulo II: Farmacología in silico

• Introducción a las plataformas en línea para obtener parámetros biológicos y farmacéuticos.
• Obtención de parámetros farmacológicos, toxicológicos, fisicoquímicos y farmacéuticos.
• Screening virtual de los compuestos químicos o ligandos basado en los parámetros biológicos y farmacéuticos.
• Optimización de ligandos para estudios de acoplamiento molecular.

Modulo III: Receptores de moléculas bioactivas: proteínas

• Estructura molecular de las proteínas.
• Bases de datos de estructuras de proteínas
• Selección del cristal 3D de una proteína de interés farmacológico
• Predicción de la estructura 3D de una proteína por modelado por homología.
• Visualización, análisis y tratamiento de proteínas para estudios de acoplamiento molecular.

Modulo IV: Introducción al acoplamiento molecular

• Introducción al acoplamiento molecular ligando-proteína (Docking).
• Visualización 3D de interacciones de Docking ligando-proteína.
• Análisis de interacciones de Docking ligando-proteína.
• Dudas del curso y sesión de carteles

Destinado a: Estudiantes universitarios, egresados y profesionales, de las áreas de Biotecnología, Inmunologia, Microbiologia, Bioquimica, Bioclinica, Biomedicina, Bioingenieria, Medicina y afines interesados en aprender mas sobre la quimica computacional.